Cheio de dificuldades administrativas, o Vasco da Gama foi condenado pela 9ª Vara de Fazenda Pública da Capital a efetuar, veja só, o plantio de 184 mudas de espécies nativas, “em área localizada na cidade do Rio”, por ter promovido, sem a devida licença ambiental, o corte de quatro árvores e sacrificado outras duas, no interior da sede náutica do clube, na Lagoa.
De acordo com o registro de ocorrência lavrado na Delegacia Móvel de Meio Ambiente, em 1996, foram cortados dois pinheiros, um abiu e uma plumeira.
Ainda no interior da sede náutica, uma amendoeira foi anelada e morreu, e um abiu-roxo sofreu poda danosa e depois foi retirado. Em vistoria realizada no dia 11 de fevereiro de 2022, foi verificado que não foram plantadas novas árvores no interior do terreno.